Ф. Амиршоев ҳамчун олими ҷавон соли 2009 бо дастгирии Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон ҳамчун гирандаи стипендияи «Дурахшандагон» шомили докторантураи Институти илмӣ-тадқиқотии умумирусиягии чорводорӣ шуд. Мавзуи рисолаи докториаш «Самтҳои биологии мукаммалгардонии чорвои калони шохдор дар шароити Тоҷикистон» зуд диққати олимони русро ба худ ҷалб намуд. Мушоҳидаҳои чандинсола ва натиҷаи корҳои илмии муҳаққиқи ҷавон перомуни пешрафти соҳаи чорводорӣ, генетика ва физиология дар ҷумҳурӣ натиҷаҳои самарабахш ба бор оварданд. Хулосаҳои вай атрофи базаи мустаҳками хӯроки чорво, баланд бардоштани иқтидори ирсии он ва омилҳои муҳими истифодабарии ғизо ҳангоми парвариши чорвои ширдеҳ боиси баланд бардоштани маҳсулнокии чорво гардиданд.

Маҳорату истеъдод ва шавқи беандозааш ба касби интихобнамудааш буд, ки Амиршоев докторантураро соли 2012 бомуваффақият хатм  намуда, худи  ҳамон  сол дар шаҳри Маскав рисолаи докториашро ҳимоя намуд. Баъди ба Тоҷикистон баргаштан ӯро аввал мудири кафедраи технологияи коркарди маҳсулоти чорводории Донишгоҳи аграрии Тоҷикистон ба номи Шириншоҳ Шоҳтемур ва, сипас, декани факултети зооинженерии ҳамин донишгоҳ таъин карданд. Файзулло Амиршоев дар ин давра аз худ қобилияти баланди ташкилотчигӣ ва роҳбарӣ нишон дода, роҳҳои самарабахши тарбияи олимони чавону донишҷӯёнро дар факулта ба роҳ монд. Бо иқдоми ӯ дар миёни ҷавонон корҳои пажӯҳишӣ ранги тоза гирифт. Акнун худи унвонҷӯён корҳои илмӣ-тадқиқотӣ бурда, натиҷаи мушоҳидаи худро дар шакли мақолаҳои алоҳида дар маҷаллаи таъсисдодаи донишгоҳ ба нашр мерасонданд. Моҳи июни соли 2015 Файзулло Амиршоевро чун олими навовару кордон директори Институти чорводорӣ ва чарогоҳи Академияи илмҳои кишоварзии Тоҷикистон таъин намуданд. 

Дар давраи роҳбарии худ Ф. Амиршоев намунаи  баланди  кордонӣ ва роҳбарӣ нишон дода, ба рушди соҳаи чорводорӣ ва раванди корҳои илмӣ диққати хосса медод. Соҳаи чорводорӣ тули ин солҳо рушд карда, ба яке аз соҳаҳои сердаромад табдил ёфт.

Олимони Институт перомуни усулҳои назариявию амалии офаридани зотҳои сермаҳсули чорво, зотҳои ширдеҳ, технологияи хӯроки чорво, биотехнология, парандапарварӣ, занбӯриасалпарварӣ ва ҳолати чарогоҳҳо корҳои пажӯҳишӣ анҷом доданд. Файзулло Амиршоев чун роҳбари Институт пайваста аз пайи омӯзишу дар амал ҷорӣ намудани дастовардҳои олимон мегашт. 

Доктори илми биология Файзулло Амиршоев дар рушди соҳа қабули Барномаи рушди соҳаи зотпарварӣ ва хушзоткунии чорво дар Ҷумҳурии Тоҷикистон барои солҳои 2016 - 2020-ро муҳим арзёбӣ менамояд.  

Фаъолияти пурсамари   Файзулло Амиршоев буд, ки ӯро чун роҳбари кордон ва олими ҷӯянда соли 2020 ноиби президенти Академияи илмҳои кишоварзии Тоҷикистон интихоб намуданд.

Имрӯзҳо профессор Файзулло Амиршоев дар ҳамдастӣ бо олимону мутахассисони Академияи илмҳои кишоварзии Тоҷикистон бо мақсади амалишавии барномаҳои давлатӣ дар самти хушзоткунии чорво, парандапарварӣ, боғдорию моҳипарварӣ  ва дигар соҳаҳои муҳими кишоварзӣ корҳои селексиониро ба роҳ мондаанд. Дар ин самт гузарондани санҷиши чорвои сермаҳсул аз рӯи сифату насл ва ҷорӣ намудани технологияи ҳозиразамон албатта ба шаклҳои нави хоҷагидорӣ мусоидат менамояд. 

Ф. Амиршоев сарчашмаи ҳамаи комёбиҳои олимони соҳаро аз дастуру ҳидоятҳои Пешвои миллат муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон медонад. Сарвари давлат дар мулоқот бо олимону кишоварзони ватанӣ борҳо таъкид намудаанд, ки дар афзун намудани истеҳсоли маҳсулоти кишоварзӣ бояд мутахассисони соҳа бештар ҳиссагузор бошанд.  

Таҳсил ва ҳамкориҳои баъдӣ дар раванди фаъолияти илмии ӯ тағйироти куллӣ ба амал овард. Дар давоми таҳсил ба технологияи муосири ҷаҳонӣ шинос шуда, ҳоло ҳамроҳ бо олимони дигар аз рӯйи ташхис ва технологияи омӯзиши КДН (ДНК), ва хусусиятҳои генетикию физиологии чорво корҳои илмӣ бурда истодааст.

Ӯ аълочии маориф ва илми Тоҷикистон буда, муаллифи 112 кори илмӣ, аз ҷумла  2 монография, 8 китоби дарсӣ, 12 дастуру тавсияномаҳо, зиёда аз 90 мақолаи илмӣ, 1 патент буда, таҳти роҳбарии ӯ 8 магистр рисолаҳои магистрӣ ва 2 нафар ҳимояи рисолаи номзадиро дифоъ намуд. Ду нафар унвонҷӯйи ӯ дар арафаи ҳимоя қарор дорад.